清塘消毒： 使用生石灰或茶麸进行清塘消毒，可有效杀死缩头鱼虱的成虫、幼虫和卵块。

物理方法： 对于个别感染的鱼类，可使用镊子小心移除缩头鱼虱，并用紫药水对伤口进行消毒。

药物治疗： 放养鱼种时，可用3%的食盐溶液浸泡5分钟（20℃时），缩头鱼虱对盐水较为敏感，会自动离开鱼体。 对于大量感染的鱼池，可将病鱼捞出，放入0.1～0.15%的晶体敌百虫药液中浸洗2～5分钟，然后将鱼放入已经消过毒换过水的池塘中。

生物防治： 在饲料中添加桉树叶精油，可驱除体表寄生虫。 使用马尾松针浸出液泼洒全塘，或用新鲜带针松枝扎成捆放入鱼池，可使鱼虱脱落。

环境清洁： 定期清洗鱼缸或鱼塘，消灭缩头鱼虱的卵和幼虫，减少其滋生。