体鳗形，前部近圆筒状，后部侧扁。吻短钝而平扁，眼位于头前部，中等大小，两颌骨均具细齿 。 身体表面光滑无鳞，皮肤富含黏液，体色随生长阶段变化：幼鳗呈透明或淡黄色，成鳗为银灰色或深褐色 。 日本鳗鲡为长距离降海洄游性鱼类，在淡水中生长，海水中繁殖。每年10—12月，亲鳗会进行降海生殖洄游，性腺在洄游期间逐步发育 。